W okresie międzywojennym został przebudowany i zmodernizowany. Prace w tym zakresie prowadzono dwukrotnie w latach 1924 - 1925 i 1930 - 1933. Zmieniono wówczas zachodnią palisadę drewnianą na falochron zachodni i molo zachodnie o konstrukcji żelazobetonowej. W lutym 1920r. z chwilą objęcia przez administrację polską wybrzeża, port rybacki w Helu stał się (do roku 1934) jednym bezpiecznym schronieniem dla statków na całym wybrzeżu. W 1921r. w Helu było 120 rybaków indywidualnych, którzy mieli 42 kutry motorowe, 1 łódz i 175 łodzi wiosłowo - żaglowych.
Stacjonowało tu prawie 70% wszystkich kutrów polskiej floty rybackiej.
W 1935r. w Helu było już 56 kutrów molowych. W okresie września 1939r. polskie kutry rybackie zostały zmobilizowane i przewiozły m.in. na Hel paliwo płynne z barki - tankowca zatopionej specjalnie na płytkiej wodzie w Zatoce Puckiej. W końcowym okresie wojny władze wojskowe (niemieckie) używały kutrów z Helu do ewakuacji wojska i ludności. W efekcie w momencie wyzwolenia miasta pozostał zaledwie 1 kuter. Zdewastowany port przystosowano w czerwcu 1945 roku do potrzeb żeglugowych ale oczyszczanie go z min, amunicji i zatopionego sprzętu trwało jeszcze do 1946r.
Po wojnie system organizacji rybołówstwa zmienił się i trzeba było przystosować port helski do przebywania w nim większych jednostek łowczych użytkowych przez rybołówstwo uspołecznione. W latach 1946 - 1949 pogłębiono więc port od 2,5 do 5 metrów, a w latach 1949 - 54 wybudowano: wydłużenie falochronu zachodniego od rozwidlenia z palisady drewnianej na żelazobetonowe molo południowe (krótkie) na palach drewnianych, następnie kesony o nawierzchni brukowanej; molo wyładunkowe na palach drewnianych ze ścianką piaskoszczelną, falochron południowy na palach drewnianych i także kesony o nawierzchni brukowanej. Ponadto bunkrownię Centrali Produktów Naturalnych, drogi w obrębie portu, bocznicę kolejową, sieć kanalizacyjną i wodociągową oraz ogrodzenie portowe. W latach 1955 - 1960 prowadzono nadal poważne inwestycje. Przede wszystkim ukończono budowę falochronu południowego wraz z pomieszczeniem punktu odpraw granicznych i przeprowadzono modernizację oświetlenia elektrycznego portu. Kolejne inwestycje i zmiany nastąpiły w latach 1961 - 1966. M.in. wybudowano molo wyładunkowe w awanporcie żelazobetonowe ze ścianką piaskoszczelną i pogłębiono awanport do 5m oraz port wewnętrzny do 4 metrów.
Port Hel od wyzwolenia do roku 1963 był w gestii Gdańskiego Urzędu Morskiego, a od 1964r. przeszedł pod administrację Przedsiębiorstwa Połowów i Usług Rybackich "Koga".
W roku 1954 na terenach portowych wzniesiona została duża hala przeładunkowa obejmująca również przetwórstwo wstępne ryb, sieciarnię, szatnie i łazienki dla pracowników administracji. W tym roku wybudowano także nowy obiekt w postaci fabryki lodu o wydajności 22,5 ton lodu na dobę oraz stację pom, urządzenia hydrotechniczne kotłownię i prowizoryczne warsztaty kutrowe z wyciągiem (slipem) dla kutrów 17 - metrowych. W latach 1961 - 1967 wzniesiono magazyn główny, wartownię, podstacje elektryczną, 4 budynki mieszkalne dla rodzin, wiatę na opakowanie łącznie z myjnią opakowań oraz Dom Rybaka, czyli hotel na 124 osoby. W tym czasie powstała fabryka lodu łuskowego, dla której potrzeb zainstalowano trzy kruszarki lodu.
W roku 2000 rozpoczął się remont nabrzeży portowych oraz budowa wewnętrznego pirsu jachtowego, który ma zapewniać spokojny postój żaglówkom cumującym w Helu.